山西三水河科技超高壓殺菌設備對固態食品和液態食品的處理工藝有所不同：
固態食品如肉、禽、魚、水果等需裝在耐壓、無毒、柔韌并能傳遞壓力的軟包裝內，進行真空密封包裝，以避免壓力介質混入，然后置于超高壓容器中，進行加壓處理。超高壓處理工藝是升壓，保壓，卸壓三個過程，通常進料、卸料為不連續方式生產。液態食品如果汁、奶、飲料、酒等，一方面可像固態食品一樣用容器由壓力介質從外圍加壓處理。也可以直接以被加工食品取代水作為壓力介質，但密封性要求嚴格，處理工藝為升壓，動態保壓，卸壓三個過程，用第二種方法可進行連續方式生產。
超高壓殺菌技術多數生物經100MPa以上加壓處理即會死亡。一般情況下，寄生蟲的殺滅和其他生物體相近，要低壓處理即可殺死，病毒在稍低的壓力即可殺死，細菌、霉菌、酵母的營養體在300-400MPa壓力下可被殺死，而芽孢桿菌屬和梭狀芽孢桿菌屬的芽孢對壓力比其營養體具有較強的抵抗力，需要更高的壓力才會被殺滅。壓力處理的時間與壓力成反比：壓力越高，則處理所需時間越短。另外，超高壓殺菌的效果還受溫度、食品的組分的影響。
